医疗洁净室建设通常是在土建框架主体结构营造的大空间内，采用符合要求的装修材料，根据工艺要求进行分隔、装修成满足各类使用要求的洁净室。医疗洁净室建设内的污染控制需净化空调与自动化控制共同完成，若是制药企业的洁净车间，还需要工艺管道及排水的配合，把生产所需的废水及压缩空气送入洁净室，把生产废水排出洁净室。医疗洁净室建设是各系统之间需要密切配合的一项系统工程，哪个环节出现问题，均会影响洁净室的建造质量。
医疗洁净室建设涉及土建工程，主要指洁净室建造的外部围护结构，起到外层防护作用。
通过净化空调设备、净化风管及阀门附件等组成净化空调系统来控制室内温度、湿度、洁净度、风速、压差及室内空气品质等参数。此项内容称之为医疗洁净室建设工程净化空调系统。
负责医疗洁净室建设内容关于自动化控制及电气化工程，照明配电、动力配电、灯具、开关插座等器具的安装；配合净化空调，实现温度、湿度、送风量、回风量、排风量、室内压差等参数的自动控制。
医疗洁净室建设项目各种工艺管道，通过管道设备及其附件把洁净室所需要的各种气体、液体按要求送入室内，输配管道大多采用镀锌钢管、不锈钢管及铜管。在洁净室内明装的管道均需要求采用不锈钢管道。
装修装饰对材料的要求：不产尘、不积尘、易清洗、耐腐蚀、耐去毒液擦洗、无接缝或少接缝（接缝应严密平整）对装修装饰工艺要求为严格，强调壁板平整、接缝严密且 平整光滑，不许有凹凸造型。
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