1、要保持医药无尘车间房间气流组织的合理性。气流组织如果被破坏，不但室内的温度分布受影响，而且因为涡流过多，使墙角、地面附近的不洁气流扩散到室内工作区。因此，医药无尘车间房间内的工作台，设备的布置要考虑到气流组织的合理性。应该避免把安装的各类设备把回风口挡住，回风口百叶严禁乱动。
2、保持医药无尘车间空调房间的正压值。如果房间出现负压，正压值低于邻室或外部空气，室外和周围房间的空气便会由门窗缝逐渐渗入。尤其在医药无尘车间空调系统中，净化等级高的要比其它房间的正压值要高。医药无尘车间洁净度比非洁净区至少大于10帕，不同洁净度之间大于10帕。
3、医药无尘车间空调房间一定要保证有三个等级过滤：粗效、中效、和高能效过滤。要加强净化空调的管理。工作人员应遵守制度和操作规程，保证室内的卫生达到净化要求。
4、保持车间空调处理设备，空调机房的清洁。定期测定室内的含尘量和正压值。做好巡查日志记录和各类设备维护保养。
5、经常或按期清洗、更换车间空气过滤器，新风通过使用中粗效、中效泡沫塑料过滤器要经常清洗。当中效过滤器的阻值是初阻的二倍或限定值时，应进行清洗。高能效过滤器阻力过大时，应该更换。泡沫塑料过滤器清洗后，应该重新测定值，在规定的范围之内。
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