所谓负压隔离病房，就是通过医药净化车间工程使病房内外有压力差，经过特殊的净化装置设备，使病房内的气压低于病房外的气压。负压系统启动后，使病房外清洁气体单向压入病房，房内空气“挤压”后排到专门管道，经严格去毒后排出。一般的规范标准是每小时可启动12到15次为病房换气。
使用的过程是负压系统医药净化车间工程将病房内流通的空气，全部抽走经过过滤装置，隔离过 滤、去毒去菌处理，使得过滤率达到99.99％，随后形成洁净空气排出病房，使周边空气不受污染。常见负压病房还拥有大型空调、供氧，保持恒温、恒氧设备设施。
每间负压病房外都设有一小间医药净化车间工程缓冲区，那是作为医务人员进入病房的通道。在缓冲区与病房的墙体开了一个窗口，医务人员称其为“传递舱”。传递舱装有两扇窗，将病房和缓冲区连接起来，为了确保病菌隔离，两扇窗不能同时打开。舱内有排列整齐的紫外线灯管，可对进出食品、物品进行去毒去菌，以保证内外空气不交叉，直接接触。
医生进入医药净化车间工程负压隔离病房前要穿三层隔离衣，戴N95口罩，面罩。医药结束后要层层脱掉隔离衣，用去毒液多次洗手，再洗澡后从专用通道离开。负压隔离病房是救治呼吸道传染病人，隔离病原微生物及保护医务人员的重要医药设施，是应对公共卫生事件的重要保障，特别适合救治新冠肺炎、sars、禽流感、甲型H1N1流感等强传染性呼吸道病人。
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