1、静压不同：
一般生物洁净室主要控制有生命微粒（单细胞藻类、菌类、原生动物、细菌和病毒等）对工作对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂的侵蚀，内部一般保持正压。
而生物安全洁净室室内要求静压比周围环境低一定数值（负压），其用于研究试验设施（细菌学、生物学洁净室）和生物工程（基因重组、疫苗制备）。因为它所研究的对象是对人体和环境有很大危害的物质（艾滋病防治的研究等），所以它只允许外围的空气往里滲漏，不允许室内的空气往外渗漏。
2、装修材料及工艺要求：
一般生物洁净室实质上是一种结构和材料允许作为灭菌处理的工业洁净室，可用于食品工业（防上变质、生霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）、医疗设施（手术室、各种制剂室、调剂室）、动物实验设施（无菌动物词育）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等。
生物安全洁净室由于消毒剂对周围结构设备有较大的腐蚀性，装修材料和设备要求耐腐蚀性强。生物安全洁净室的气密性要求比一般洁净室高，施工难度大，安全度要求高，造价也较一般生物洁净室高。
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