医疗净化工程的设计是非常重要的，新风必须遵循三级过滤的原则。这是因为和空调系统相比，净化系统新风的尘浓负荷比高达90%以上，因此，为了运行质量必须强调新风三级过滤，现在医院洁净手术部的标准和规范中都已将此作为规定。另外，回风必须有过滤器，效果更好。医院净化工程手术室在建造时设计人员只有准确理解了“规范”的要求，才能使洁净室大程度地满足医院的功能要求，如果设计不当会直接影响着我们的健康。
设计人员要确保净化工程质量，还须对医院洁净室施工现场做认真地调研、考察，否则，设计出来的洁净室工程质量就会大打折扣。
如对某医院洁净室净化工程做含尘浓度检测时，突然发现尘浓普遍急剧上升，超标严重。工程人员S先想到的是过滤器风口漏，经检查，虽然发现确实有漏，但和检测出的尘浓数量不相当。根据经验判断，这是新风口设计不当，由于设在5层楼顶上向下的新风口，其下方正好有一垃圾站，而该垃圾站有定期烧垃圾的习惯，大量浓尘正是来自新风口下方冒出的浓烟。
这样的新风口位置，必然产生危及室内洁净度的结果，无论后期施工质量如何，其洁净室的工程质量也很难达到要求，实际上这与“规范”中要求的新建洁净手术室应远离污染源的总体要求是相违背的。设计是洁净室工程质量基础，医院手术室净化工程的设计绝不是闭门造车，需要不断解决问题以满足洁净室工程质量要求，故设计是医院净化工程质量的保障。
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