近年来净化工程广泛应用于各个领域(制药行业、医疗、手术室等)，运行过程中须加强对洁净室无尘车间工程的维护和管理，以保证其环境和功能良好运行。一般来说，主要从环境监控的管理、运行管理及人员的管理三方面进行控制管理，使洁净室无尘车间工程使用更加合理、规范，确保了检测质量。
一、环境监控的管理
无尘车间的“无菌”环境主要是通过空气的“过滤”、“层流”以及室内维持“正压”状态来维持的。环境实验室的控制管理至关重要，主要从以下方面。
(1)控制洁净室空气的温湿度，室内温度控制在22℃～25℃，湿度控制在50%～60%较为合适，不仅满足人体舒适度且又不利于室内微生物的生存。
(2)定期进行微生物检测，每周一次。针对检测结果确定维护程序。
二、运行管理
(1)正确使用洁净室
洁净实验室工程间物品摆放合理，利于操作，并尽可能减少物品材料，控制物品出入次数。
(2)设置严格的工作流程
设置严格工作流程，明确区分洁污区域。制定出严格的工作流程。
(3)控制清洁质量
洁净层流空调系统初次使用必须连续运行24h，空气细菌培养两次合格方可使用。每次进入前30min打开层流空调通风工程系统，使通风空调工程系统连续运行，尽量排尽污染的尘粒，保证空气质量。定期专人检测空调系统运行情况，做好维护保养工作。每日操作前后用1∶100的84消毒液去除门、窗、地面等灰尘。每周应扫除1次，包括天花板、墙壁和地板，尤其是抽风，回风口很易藏尘、藏菌要拆洗清洁定期检查更换，以防其本身受到污染。初效、中效过滤器每6个月更换1次，高效过滤器1～2年更换1次。回风口如同中央空调工程中的回风口一样，每周需清洁1次，以确保尘埃过滤效果。
三、人员管理
(1)严格控制人员进出。尽可能减少人员进出次数。
(2)严格着装管理要求。进入净化间更换无菌服，佩戴鞋帽，严格洗手消毒。
(3)加强人员培训，积极进行理论学习，明确层流无尘车间工作原理和环境要求，熟悉基本知识和操作要求的培训。严格规范人员行为和各项操作规章制度。
无尘车间采用通风工程中的空气净化措施，是将空气中的尘埃离子过滤、消毒，使细菌无载体传播。空气净化虽是主要矛盾，但更重要的是取决于全过程、全方位的控制管理。加强对净化车间的使用管理，使其保持良好的环境和功能，强化无菌观念和正规化管理是根本的保证与要求。
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