食品无菌净化车间生产加工时须注意：原料选择，注意控制有毒有害成分和新鲜状态，选择没有污染、绿色食品原料，不能选择过期变质成分。控制食品无菌净化车间生产过程，注意加工过程、生产环境、清洁车间工程，防止有毒有害成分混合，防止食品添加剂滥用。
清洁食品企业严格管理制度，在食品无菌净化车间操作的时候，严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室前应先关掉紫外灯。食品无菌净化车间应设有无菌操作室和缓冲室，洁净度应达到1万级，室内温度应保持在20-24级℃，湿度保持在45-60％。超净台的清洁度应达到100级。无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，防止污染。严格防止所有灭除病菌设备和培养基污染，污染者应停止使用。
食品无菌净化车间应定期适当灭除病菌，以确保无菌室的清洁度符合要求。所有需要带入无菌室的仪器、器械、器皿等物品应包扎紧密，并以适当的方式灭除病菌。进入食品净化车间无菌室前，工作人员须用肥皂或其它灭除病菌，然后在进入无菌室前更换专用工作服、鞋子、帽子、口罩和手套（或用70％乙醇再次擦手）。
使用食品无菌净化车间前，须打开无菌室的紫外线辐照，灭除病菌30分钟以上，同时打开超净台吹风。操作完成后，应及时清理无菌室，然后用紫外线辐照灭除病菌20分钟。检查前应保持外包装完整，防止污染。检查前，用70％的酒精棉球对外表面进行灭除病菌。所有含有活菌的物品在水龙头下冲洗前须灭除病菌，严禁污染下水道。
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